Das System unterstützt zudem verschiedene Behörden bei der Überprüfung der Identitäten von Personen, mit denen sie sich im Austausch befinden. Mithilfe eines AFIS-Systems können Regierungen, Behörden und Polizeistellen prüfen, ob Fingerabdrücke bereits in der Datenbank vorliegen und sicherstellen, dass nur jeweils eine Kopie davon existiert.